Um grupo de amigos, composto por José Alves Marinho, Floriano Portela, Hildebrando Portela, Luís Moreira Pinto, Virgílio Pinto Azevedo e Joaquim Mesquita Júnior, fundaram o Futebol Clube de Famalicão e formaram a primeira direcção em 21 de Agosto de 1931.
A primeira equipa do FC Famalicão estreou-se frente a um misto do FC Porto na inauguração do Campo da Berberia, a 17 de Janeiro de 1932.
Nessa partida utilizaram o primeiro equipamento que envergavam as cores verde e branco.
Oficialmente a carreira do FC Famalicão iniciou-se apenas na época de 1932/33, tendo disputado o Campeonato da Promoção da Associação de Futebol de Braga. Sai vencedor no campeonato concelhio de promoção, ficando apurado para a série seguinte.
Na época de 1934/35 acede ao Campeonato Distrital da I Divisão, sagrando-se campeão distrital na época seguinte (1935/36).
Na época de 1938/39 os equipamentos do clube adoptam novas cores, do verde e branco para azul e branco, uma opção tomada com o propósito de obter filiação no FC Porto, o que não viria a concretizar-se, sendo a filial número 4 do clube da cidade invicta.
Na temporada de 1940/41 o clube ascende ao Campeonato Nacional da II Divisão, e a época de 1941/42 fica marcada com uma fase de ascensão do Famalicão, muito por mérito do húngaro Janos Szabo.
Janos Szabo, como jogador-treinador, ficou ligado a uma brilhante recuperação na época de 1942/43, após mais de uma década de insucessos. Com 27 anos, Janos Szabo foi contratado na altura por dez contos mensais (actualmente 50 euros).
Na temporada de 1945/46, o FC Famalicão conquista a 2ª série do Campeonato Nacional da II Divisão, com uns surpreendentes 82 golos marcados e apenas cinco sofridos. Na fase de apuramento para a l Divisão, venceu o Boavista FC por 3-2 e chegou pela primeira vez ao principal campeonato nacional.
Ainda nessa temporada mas para a Taça de Portugal, chegou às meias-finais, onde encontrou o Sporting CP dos famosos cinco violinos. Numa tarde de má memória para o FC Famalicão, os leões venceram por uns 11-0, tendo o FC Famalicão terminado essa partida com apenas seis jogadores.
Pela primeira vez no Campeonato Nacional da I Divisão, o FC Famalicão fez uma época muito apagada e na seguinte (1947/48) desceu novamente à II Divisão, mas já sem Szabo, após seis épocas em Famalicão.
Em 21 de Setembro de 1952, o FC Famalicão viu as instalações desportivas melhoradas com a inauguração do Campo dos Bargos, hoje Estádio Municipal 22 de Junho. Porém esta melhoria de condições não se traduziu em resultados o que levou o FC Famalicão à descida até à III Divisão Nacional.
Na época de 1962/63, o FC Famalicão volta a viver dias felizes com o regresso a “casa” de Janos Szabo, levando o FC Famalicão novamente à II Divisão Nacional, onde permaneceu até à época de 1977/78, quando ascendeu de novo à I Divisão Nacional, contudo na época de 1978/79 voltaria a descer à II Divisão Nacional com os mesmos pontos do 13º que foi o SC Beira-Mar que permaneceu na I Divisão devido ao desempate nos confrontos directos lhes ser favorável.O regresso ao escalão principal do futebol português deu-se na temporada de 1988/89 mas de forma fugaz devido ao caso do suposto suborno ao CA Macedo de Cavaleiros, sendo então relegado para a III Divisão Nacional, juntamente com o CA Macedo de Cavaleiros, e tendo a AD Fafe ocupado a vaga do FC Famalicão, e ficando como uma página negra na história do clube.
O FC Famalicão teve então que disputar a época de 1989/90 na III Divisão Nacional, tendo terminado em 1º lugar com 54 pontos (25 vitórias, 7 empates e 2 derrotas) e subido novamente à II Divisão Nacional.
Na época 1990/91 foi feita justiça com mais uma subida do FC Famalicão à I Divisão Nacional, tendo-se mantido no principal escalão do futebol português até à época de 1993/94, época essa que ditou mais uma descida de divisão.
Na época de 1994/95 e 1995/96 o FC Famalicão disputou a II Divisão de Honra, tendo a época 1995/96 ditado nova descida de divisão.
Da época de 1996/97 a 2001/2002 o FC Famalicão disputou Campeonato da II Divisão B.
Na época de 2000/2001 o FC Famalicão protagonizou mais um feito que merece registo no seu historial onde na Taça de Portugal chegou até aos quartos-de-final, onde foi batido pelo Sporting CP por 1-3 no Estádio Municipal 22 de Junho, e que poderia ter sido coroada de êxito não fosse o 2º lugar na II Divisão Nacional.
Da época 2002/03 à época 2004/05 o FC Famalicão disputou a série B do Campeonato da III Divisão Nacional, subindo na época 2004/05 à II Divisão B.
Disputa a época de 2005/06 no Campeonato da II Divisão B e na época 2006/07 desce novamente à III Divisão.
Na época de 2007/08 o FC Famalicão disputou novamente a série B do Campeonato Nacional da III Divisão. Face às dificuldades que o clube atravessa, não seria correcto exigir subidas de divisão, mas se elas estiverem ao alcance não se deve deitar fora a oportunidade, até porque uma série B da III Divisão é sempre muito complicada de disputar.
Tendo a época decorrido de forma atípica desce, ao fim de 72 anos, aos distritais – Divisão de Honra da AF de Braga.
Na época seguinte, 2008/2009 disputa a Divisão de Honra da AF de Braga classificando-se em segundo lugar. Com a desistência de clubes foi promovido à 3ª Divisão Nacional – Série B.
Em 2009/2010 disputou a III Divisão – Série B classificando-se na fase final em terceiro lugar.
Na época 2010/2011, novamente, na III Divisão – Série B e depois de ter liderado praticamente toda a época viu-se, na última jornada, ser relegado para segundo lugar em igualdade pontual com o primeiro, subindo à 2ª Divisão.
Na época 2011/2012 disputou a 2ª Divisão B – Zona Norte classificando-se em 9º lugar.
Em 2012/2013 disputa, novamente, a 2ª Divisão B – Zona Norte classificando-se em 7º lugar mantendo-se na mesma divisão.
Em 2013/2014 irá participar no Campeonato Nacional Seniores (nova denominação da 2ª divisão).